Le origini di Assisi risalgono probabilmente al II secolo a.C., anche se l’area su cui sorge la città era già abitata in epoca preistorica. Intorno al I secolo a.C. divenne municipium romano e fu cinta da mura che contennero l’abitato fino al periodo comunale, quando la città vide un’improvvisa inarrestabile espansione, nonché la nascita di uno dei suoi cittadini più famosi, San Francesco.
Nel 1367 la città entrò a far parte dei domini della Santa Sede fino al 1861, anno dell’Unità d’Italia.

La struttura attuale della città è ancora quella medievale, sopravvissuta nei secoli malgrado i terribili terremoti che ciclicamente colpiscono la zona.

Sono ancora in corso i lavori di ristrutturazione in seguito al sisma che tanti e gravi danni ha causato nel 1997.

La prima chiesa che si nota entrando in città da Porta S. Pietro è quella benedettina di S. Pietro. Costruita alla fine del X secolo ma notevolmente rimaneggiata nel ‘200, è particolarmente interessante per la purezza dello stile romanico nel quale è stata costruita. La facciata presenta un semplice portale principale, affiancato da due piccole porte laterali e sormontato da tre rosoni.

L’interno austero, suddiviso in tre navate da possenti pilastri, era ricoperto da decorazioni e stucchi rimossi nel Novecento.
La Basilica di S. Francesco si articola in basilica superiore e basilica inferiore. La costruzione della chiesa inizia il 17 luglio 1228, quando il pontefice Gregorio IX pone la prima pietra. Il corpo inferiore viene terminato nella primavera del 1230 e nello stesso anno vi è deposta la salma di S. Francesco. Il corpo superiore viene invece concluso nel 1253, anno della consacrazione della chiesa. Per la decorazione delle pareti sono stati chiamati i più importanti artisti del tempo, Cimabue, Giotto, Simone Martini e Pietro Lorenzetti.

Durante il terribile terremoto del ’97 la volta della basilica superiore è crollata, alcuni affreschi di Giotto e di Cimabue si sono sgretolati in migliaia di frammenti, i circa 5000mq di affreschi duecenteschi che rivestono completamente le pareti della Basilica sono stati ricoperti da uno spesso strato di polvere e la struttura stessa della chiesa è rimasta fortemente intaccata. Attualmente si sono conclusi i lavori di pulizia degli affreschi non danneggiati e quelli di rinforzo strutturale, eseguiti grazie ad un investimento eccezionale in tecnologie avanzate.

Approfittando dei lavori già in atto, la basilica è stata restaurata completamente, il coro riposizionato, la bussola d’entrata e l’organo rimessi a nuovo.
Inoltre due dei sette Santi di Giotto e la vela di S. Girolamo hanno riacquistato una forma riconoscibile e sono stati rimessi in loco, mentre si prevede che entro quattro anni sarà completata la ricomposizione manuale dei frammenti degli otto santi del voltone. Per la vela di S. Matteo di Cimabue si sta invece procedendo ad un recupero dei 120.000 frammenti, attraverso l’utilizzo di un programma di "riassemblaggio virtuale". Dalla basilica, la via S. Francesco conduce alla piazza del Comune che ospita edifici interessanti di epoca diversa.

Spicca su tutti la chiesa di Santa Maria sopra Minerva, ricavata da un tempio romano del I secolo, del quale restano sei colonne sulla facciata, la scalinata e il timpano. A fianco della chiesa si innalzano la Torre del Popolo (XIII secolo) e il Palazzo del Capitano del Popolo edificato nel 1282. Dalla parte opposta della piazza si trova il Palazzo dei Priori, sede del Comune, costituito da tre edifici di epoche diverse. Nella parte più antica ha sede la Pinacoteca Comunale, ancora inagibile a causa dei danni subiti dal sisma.

La fontana al centro della piazza è settecentesca. Via S. Rufino conduce alla basilica omonima, il Duomo della città. Forse uno dei monumenti più significativi dell'arte romanica in Umbria, è stato costruito su edifici religiosi preesistenti, per ospitare le spoglie del martire Rufino.

Bella la facciata, decorata alla base con leoni e grifi, e nella parte superiore con tre rosoni e i simboli dei quattro Evangelisti. Nell'interno a tre navate sono visibili il fonte battesimale, ove furono battezzati San Francesco e Santa Chiara, e il Museo; mentre nell'abside si trova un coro di raffinata fattura.
A destra dell'abside si scende all'oratorio, in cui San Francesco si ritirava a pregare prima di predicare in cattedrale. Sotto la cupola rinascimentale si trova l'altare del XIX secolo, dove secondo la tradizione si conservano i resti di S. Rufino.

Al di sotto della cattedrale si possono ammirare la cripta di un precedente edificio, un pozzo profondo 28 metri e i resti di un chiostro di epoca carolingia.
Il campanile a base quadrata risale all'XI secolo e ha come fondamenta una cisterna romana.
Sulla Piazza Santa Chiara, affacciata sulla valle, si innalza la duecentesca Basilica dedicata alla Santa, che giace in una piccola urna all’interno della cripta. Si tratta di un edificio gotico piuttosto sobrio con una facciata a strisce orizzontali di pietra rosa e bianca, ornata da un elegante rosone. Anche l'interno, ad una sola navata, è piuttosto spoglio, ma frammenti di affreschi testimoniano l’originaria ricchezza decorativa.

Interessanti sono la Cappella del Crocifisso, con la Croce che secondo la leggenda parlò a Francesco, e quella del Sacramento, dove si trovano affreschi della scuola di Giotto.