L'Arcipelago di La Maddalena è nato dallo sgretolamento della massa granitica della vicina Gallura e dal successivo innalzamento del livello marino dopo l'ultima glaciazione.
Oltre alla maggiore delle isole, da cui prende il nome, è costituito da sette isole minori contornate da numerosi isolotti disabitati. Geologicamente ne fanno parte anche le isole corse di Lavezzi e Cavallo appartenenti alla Francia; sulle Bocche di Bonifacio, infatti, corre la linea di confine fra Sardegna e Corsica e fra Francia e Italia.

Nel corso dei secoli queste isole hanno avuto una storia ricca di eventi alternata a lunghi periodi di silenzio. Le prime tracce della presenza umana nell'arcipelago risalgono al neolitico; abitazioni in "ripari sotto roccia" e sepolture in "tafoni" sono le uniche testimonianze di quegli antichi abitatori la cui presenza giunse a notizia di Omero che nel vicino Capo d'Orso volle ubicare la terra dei lestrigoni.
I numerosi strumenti di ossidiana ritrovati in una recente campagna di scavo dimostrano che l'arcipelago fu una stazione intermedia nel flusso di quell'antico traffico che irradiò in tutta l'Europa il prezioso materiale proveniente dalle Eolie e dal Monte Arci.

Bisognerà tuttavia arrivare al periodo romano per ritrovare nelle "Cuniculariae" la più antica denominazione dell'arcipelago. Il ritrovamento del relitto di Spargi, ancore di piombo e blocchi di marmo apuano, dimostrano che le isole furono costantemente frequentate dai navigatori romani che, attraverso le Bocche, raggiungevano il nord della Sardegna e successivamente le coste galliche ed iberiche