Il giacimento di Paglicci è situato sul fianco meridionale del Gargano, in agro di Rignano Garganico, sulla riva destra del Vallone di Settepende a 100 m s.l.m.
. Esso si trova al confine tra due ambienti molto diversi tra loro: in basso la pianura foggiana, che per lunghi periodi dovette offrire praterie poco arborate o steppe; in alto la montagna con i suoi dirupi rocciosi; macchie e piccoli boschi si addensavano probabilmente nei valloni montani e lungo i principali corsi d'acqua della pianura.
Per questa molteplicità di paesaggi, l'Uomo di Paglicci doveva disporre di una selvaggina ricca, mentre la riserva idrica era forse assicurata da una sorta di cisterna naturale, rappresentata da una cavità comunicante con la grotta.
Inoltre, la posizione a ridosso del fianco sud del Gargano permetteva un sicuro riparo dai venti più freddi.
Tutti questi elementi possono spiegare la straordinaria fortuna del giacimento di Paglicci, il quale malgrado l'assenza sul posto di selce, ospitò l'Uomo durante un periodo di tempo lunghissimo compreso tra il 200.000 e l'11.000 da oggi.