La tradizione ha sempre considerato il corpo incorrotto di fra Giacomo come segno d'intervento divino, come fatto soprannaturale, inspiegabile scientificamente.
Rimane un mistero di fede se si considera che fra tanti corpi ridottisi a resti mortali, inumati nello stesso periodo e nel medesimo sepolcro, soltanto quello del Servo di Dio si è conservato integro e incorrotto, nonostante avesse subito durante il periodo della sepoltura un forte tasso di umidità e di calore per l'assenza di ventilazione.
Riccardo Iacovelli confermava il ritrovamento miracoloso della salma scrivendo: Con l'occasione di seppellirsi un frate laico dei Minori Osservanti, trovassi il corpo del Servo di Dio fra Giacomo incorrotto e flessibile, come se per allora umato fusse, quando scorsi erano ben vent'anni dalla sua morte, traspirando dal suo avello una fragranza che sentitasi per tutto il monistero; ove, a folla, i cittadini tutti concorsero e senza ritegno e altra circostanza, lo calarono fuori collocandolo sull'altare maggiore, oggi delle Sacre Stimmate, per esporlo alla venerazione di tutto il popolo che a viva voce lo chiamò beato per li tanti miracoli operati, e senza opposizione alcuna del prelato.
La gente che lo aveva conosciuto in vita accorse da Bitetto e dai paesi vicini. Non era mossa dalla curiosità di osservare il corpo intatto ma dal bisogno di voler constatare il nuovo miracolo dopo i tanti che si erano verificati prima e dei quali fra Giacomo era l'intercessore; accorse, perché era convinta che si trattava di un Unto del Signore fin da quando si era fatto frate.
Per virtù di questa fede sempre più crescente, i Vescovi che governarono la diocesi di Bitetto nel Cinquecento non solo tolleravano il culto libero e spontaneo dei devoti, ma essi stessi lo praticavano inginocchiandosi per devozione davanti all'urna.
UN INCIDENTE PROVVIDENZIALE...
Avvenne che il vescovo Cesare Arenio, succeduto a Ludovico Seristori nel 1584, osservò, durante la visita pastorale al convento fatta nel 1586, che l'esposizione del corpo di fra Giacomo sull'altare di san Giovanni, dove era stato traslato alcuni anni prima dalla grotta di sant'Antonio, mancava di autorizzazione della Sacra Congregazione dei Riti. Avendone proibito l'ulteriore esposizione, di tanto informava Roma.
La risposta in data 10 giugno 1586, a firma del cardinale De Sans, non tardò a produrre gli effetti previsti: con essa si ordinava che il corpo fosse riposto e conservato con riserva al solito luogo (grotta di san Antonio). Il corpo incorrotto, che giaceva in una cassa d'abete di tipo veneziano (con vetri a fronte), dove era stato deposto all'atto del ritrovamento, ma che era ormai malandata per essere vecchia di circa ottant'anni, fu rimosso dall'altare di san Giovanni Battista e restituito alla grotta di san Antonio. Nel contempo, monsignor Arenio non solo vietava al barone Carafa, signore di Bitetto, di sostituire la cassa con una nuova, ma respingeva anche l'offerta di ampliare la cappella di san Giovanni.