La prima volta che Bisceglie viene menzionata in un documento storico è nel 1063, allorché l'arcivescovo di Trani e il vescovo di Bari, in seguito alla caduta di Canosa, redassero un documento per spartirsene i territori. Successivamente, nel 1074, si trova che il vescovo che concede agli abitanti di alcuni casali il diritto di abitare in Vigiliae (antico nome di Bisceglie).
Da questi due documenti si possono trarre due conclusioni: - la nascita della città è inscindibile dalla costituzione di una diocesi con un vescovo. La diocesi, invero, fornisce prestigio e un sufficiente giro di affari, o per l'opposto, una città divenuta tale, non può fare a meno di una diocesi; - la nascita della città è sicuramente datata prima del 1063, ma non si sa bene quando.
C'è chi ritiene che l'origine di Bisceglie sia romana, si veda l'invenzione del ritrovamento delle ossa dei tre Santi avvenuta nel 117 d.c.
Il perio più importante per la città è quello degli Svevi che va dal 1194 al 1266. Secondo la tradizione, Federico Barbarossa di ritorno dalla crociata trovò riparo da una tempesta a Bisceglie e come gesto di ringraziamento, fece erigere un torrione nella parte ovest, oggi non più visibile. Altra leggenda narra di S. Francesco che giunto a Bisceglie nel 1222 fondò il convento dei Minori Conventuali, demolito nel 1400.
Gli svevi costruirono il castello e completarono la torre maestra, dotandola di successivi piani (testimonianza fanno le volte tipicamente a V del periodo svevo). Contemporaneamente, gli svevi costruiscono numerose torri di vedetta nell'agro, tutte con forma quadrangolare, tozze e robuste, esempi sono la torre Gavetino (a 4 KM S dal paese) e la torre di Zappino, vicino l'omonimo casale.
Carlo d'Angiò, fratello del re di Francia scacciò gli svevi sollecitato dal papa, preoccupato per il prosperare di un regno non legato alla chiesa. Gli angioini rimasero in puglia per circa 180 anni facendo di Napoli la capitale del loro regno italico. Per la lealtà dimostrata da Bisceglie in varie occasioni, Carlo II decorerà lo stemma comunale di una quercia d'oro con scritto "FEDELISSIMA".
Nell'anno 1266 e fino al 1300 circa, Bisceglie è sotto il feudo dei conti di Monfort, nel 1324 passa al feudo dei De Balzo. E' questo il periodo della grande famiglia dei "Falconi", fortemente angioiniani, potenti e ricchi signori, immischiati nelle più importanti cariche e faccende del paese. Di loro rimane soprattutto la chiesa di S. Margherita con annesse tombe. Il periodo angioino è un tempo instabile, costellato di guerre di potere, saccheggi e morte (a Bisceglie vi morì Luigi D'Angiò oggi sepolto nella chiesa omonima) complicato anche dalo scisma cattolico, presente a Bisceglie con la nomina di un antivescovo fatta dall'antipapa di Avignone.
Il 20 Maggio 1498 Bisceglie saliva alla notorietà; in Vaticano, infatti, venne annunziato il progetto di matrimonio tra Lucrezia Borgia, figlia del Papa Alessandro VI, e Alfonso d'Aragona, nipote del re di Napoli. Ad Alfonso toccò in dote Bisceglie che, unita a Corato, fu eretta in ducato. Il ducato ebbe una vita breve, come, del resto, anche il matrimonio. Francesi e spagnoli si contendevano il territorio seminando terrore e morte, alla fine furono gli spagnoli ad avere la meglio.
Dopo una breve parentesi di dominazione austriaca nel regno di Napoli, durata circa 20 anni, nel 1734 comincia l'epoca borbonica. In verità ci fu un breve (10 anni) tentativo francese di occupazione, la famosa Repubblica Partenopea, fatto cessare col sangue.
I borboni portarono il soffocamento delle libertà, l'ignoranza, il servilismo, in un tempo in cui in tutta Europa e al nord "Italia" si respirava aria nuova di libertà proveniente dalla rivoluzione francese. I francesi, capitanati da Giuseppe Bonaparte, provarono a riformare il sud cacciando i borboni, riformando l'area amministrativa e instaurando la repubblica a Napoli, purtroppo i tempi non erano maturi e i borboni si ripresero i territori perduti, condannando il sud all'arretratezza.Si costruiscono strade che collegano l'ormai centro storico con la consolare (S.S. 16), si abbattono antiche porte della cinta muraria, se ne costruiscono delle altre. Fu costruito anche il "ponte lama". Nonostante l'ignoranza e la scarsa attenzione igienica, aumenta la spesa pubblica in istruzione e sanità, viene costruito un lazzaretto a ridosso del bastione di S. Martino per i marinai ammalati che fanno scalo al porto, per evitare il contagio.
Un giro nella cittadina porta alla visita della splendida cattedraleche somboleggia tutti gli stili delle culture ivi giunte.
Intorno al paese si trovano costruzioni funerarie risalenti all'età del bronzo (XVI - XV Sec. a.c.) costituite da grossi lastroni in pietra (costruzioni megalitiche) disposti ad "U" coricata e coperta da un ulteriore lastrone chiamte Dolmen .