Questo angolo di Piemonte, stretto tra la pianura irrigua novarese e il primo incurvarsi delle colline che verso nord lentamente si trasformano nelle montagne dell’Ossola, ha visto il primo concretizzarsi della presenza umana aggregata ben prima dell’affermazione della potenza romana.
I primi abitanti della Riviera di San Giulio sono stati con ogni probabilità i Liguri, che nel tempo poi subirono un influsso celtico. Destino comune a tutto il novarese: gli abitanti della Riviera furono poi conquistati dai Galli e infine invasi dai Romani.
Le prime tracce scritte relative all'isola di San Giulio sono riferite ad un distico del vescovo di Pavia Ennodio, che fa accenno al castello fatto costruire nell'isola del vescovo di Novara Onorato. L'isola fu quindi sede di un ducato longobardo, poi parte dell'Impero Carolingio.
In questa fase della sua storia, il Cusio fece giuridicamente parte del comitato di Pombia, seguendone le sorti.
Nella seconda metà del IX secolo, con la dissoluzione dell’Impero Carolingio e l’affermarsi del reticolo di feudatari, spesso in lotta fra di loro per conquistare una supremazia sul territorio italiano, furono i vescovi ad acquistare potenza e autorità, muovendosi con abilità, approfittando dello sfaldamento dell'impero per colmare il vuoto di potere che si era creato.
Su questo scenario si svolge una delle vicende storiche più “popolari” tra quelle occorse al territorio cusiano. Fu nel Medioevo una delle più importanti figure della vita religiosa e della cultura artistica dell'occidente cristiano a cavallo dell'anno Mille; dapprima monaco a Lucedio (Vercelli), quindi amico e seguace degli abati di Cluny, poi a Digione dove ha costruito una delle più importanti abbazie del primo romanico, quella di San Benigno .
Alla fine dell’assedio Ottone si dimostrò particolarmente mite con gli sconfitti e con la regina Willa, lasciandola libera di raggiungere suo marito. Ottone, con diploma del 29 luglio 962, dona ai canonici di S. Giulio due corti con diverse fattorie, mulini, servi e diritti vari ad Agrate e a Barazzola. Sono gli albori del potere temporale dei vescovi di Novara sulla terra di S. Giulio, potere che solo nei primi anni del nuovo millennio fu riconosciuto dagli imperatori .
Era il 1219, e da quell'anno si può far datare il sorgere dello stato episcopale che durò fino alla fine del sec. XVIII, con una ripresa dopo il Congresso di Vienna e la definitiva cessione del potere ai Savoia nel 1817.
Prima di andare a fare parte integrante del futuro Regno di Sardegna, il Cusio conobbe la dominazione francese e poi quella austriaca. Con l’atto di cessione ai Savoia, in cambio di una rendita annua, il vescovo rinunciava completamente ai domini feudali e giurisdizionali, ma conservava il castello e i palazzi dell'isola mantenendo il titolo di Principe.
A metà dell’800 risale la costruzione dell'imponente edificio sull’isola di Orta San Giulio , visibile tutt'ora e destinato prima a seminario e oggi sede del monastero benedettino “Mater Ecclesiae".