L'abitato di Monno si formò in tempi molto antichi, lungo l'importante strada che da Edolo, passando dalla rupe di San Brizio, raggiungeva il passo del Mortirolo per scendere in Valtellina.
La via Valeriana, costruita dopo il 16 a.C., era una delle più importanti strade di transito del periodo post-romano. Vi sorgeva infatti un antico ospizio per ospitare i mercanti e viandanti, accanto a cui i monaci di Cluny costruirono probabilmente la chiesa di San Brizio. Al Mortirolo si svolse nel 773 la battaglia (ricordata nella tragedia manzoniana) tra i Longobardi, guidati da Adelchi, e i Franchi di Carlo Magno.
Il '600 fu il periodo più florido per i grossi traffici e i commerci sulla via Valeriana, unica strada d'accesso alla Valtellina. Ma agli inizi del '700 il più accessibile Passo Aprica tolse a Monno questa centralità. Nel 1737 un incendio distrusse il paese, che fu prontamente ricostruito.
Durante il fascismo Monno fu amministrativamente aggregato al Comune di Incudine; recuperò l'autonomia nel 1947. Al passo del Mortirolo, alla fine della Seconda Guerra Mondiale, si svolse una violenta battaglia contro le truppe nazi-fasciste, vinta dai partigiani.