Nelle località Crape e Luine, ora parco naturale, poco a nord-ovest dell'abitato di Boario, sono state rinvenute delle belle e significative incisioni rupestri datate all'età Eneolitica (2200-1800 a. C.) raffiguranti scene di pesca e alcune palafitte oltre a incisioni in caratteri nord-etruschi.
Dopo la loro riscoperta e segnalazione negli anni '80, l'inquinamento, l'incuria e anche alcuni atti vandalici hanno danneggiato in parte e resi poco visibili i leggeri graffiti, ma la locale amministrazione ha inteso procedere ad una campagna di salvaguardia di queste incisioni e tutta la zona è stata segnalata, recintata, pulita dagli sterpi e maggiormente sorvegliata e tende ad acquistare un notevole interesse turistico e di studio.
Montecchio era certamente il borgo più importante della zona tanto che sembra fosse il primo tra i centri abitati della valle ad avere le sue case quasi tutte con tetto ricoperto di lastre di pietra o di cocci e non di paglia o al più di tavole di legno. Il lago d'Iseo, fino ad epoca post-romana doveva spingersi ben più a nord dell'attuale bacino e forse lambire anche l'abitato di Montecchio.
L'importanza di Montecchio in epoca medioevale è testimoniata anche dalla presenza di una possente rocca, certamente costruita su un preesistente castelliere d'epoca pre-romana. Da questo castello, eretto sulla collina del Monticolo, si dominava anche il passaggio sul più importante ponte della Valle Camonica, sul quale, oltre a subire controlli, si doveva pagare pedaggio.
Nel 1886, sull'Oglio, venne gettato un moderno ponte di ferro che portò al diretto collegamento di Darfo con Boario e Corna senza più passare da Montecchio e dall'antico ponte ad arco costruito nei pressi del Monticolo. Tragico fu il primo dicembre 1923, crollò la diga del Gleno, sul fiume Dezzo, in alta Val di Scalve e questo provocò, con una enorme forza d'urto, la distruzione di gran parte di Darfo.
Si contarono 500 vittime. In quella tragica occasione furono presenti in Valle Camonica, unica volta dall'unificazione Italiana, in visita ufficiale il Re Vittorio Emanuele III e le più alte cariche dello stato. Nel XX secolo le varie frazioni che ora compongono il comune di Darfo, raggiunsero un'aggregazione amministrativa e l'economia locale e la popolazione si svilupparono ulteriormente tanto che il comune è divenuto il centro più importante della Valle Camonica e dal 28 gennaio 1968 ha assunto il nome e il titolo di "Città di Darfo Boario Terme".
Mentre Darfo, oltre che sede della municipalità è divenuto un centro importante per l'industria (anche se alcune delle storiche industrie sono fallite o sono state chiuse a causa di sbagliate azioni politiche o economiche incapaci di sostenere la locale produzione) e il terziario, Boario è rimasto agganciato al turismo termale.
Note sono le sorgenti delle terme che prendono il nome di Silia, Igea, Antica Fonte e Fausta. Il nome di Boario Terme raggiunse, a cavallo degli anni '60 e '70 una notevole rinomanza nazionale che portò questa stazione termale ad essere annoverata tra le principali d'Italia.
A fianco del parco delle Terme, negli anni '80, per andare incontro alle esigenze sempre più diversificate e mirate alla salute, è sorto un centro per le varie terapie idropiniche e con fanghi. Nel 1996 è stato inaugurato un moderno centro congressi il cui scopo principale è quello che essere un punto di riferimento per le iniziative di tutto il comprensorio Camuno Sebino e centro di promozione turistica per l'intera zona.