Numerosi ritrovamenti di incisioni rupestri, massi istoriati, punte di freccia e resti di suppellettili dimostrano come in epoca preistorica l'altopiano fosse già popolato e fittamente percorso.
L'etimologia del nome Borno è quanto mai incerta, e numerose sono le ipotesi: potrebbe derivare da "Born", risalto di roccia, o dal gallicocenomane Burnich (luogo abitato), o da burna (limite, confine), o addirittura dal nome proprio Burnius.
Quando la Valle Camonica venne conquistata dalle legioni di Publio Siro, Borno prese subito importanza per la sua felice posizione, che permetteva agevoli comunicazioni militari e commerciali col vicino "Pagus Decius".
Dopo gli anni bui delle invasioni barbariche, "Burnus", come viene chiamata in un antico documento, è assegnata nel 774 da Carlo Magno al monastero di Tours.
Dall'anno Mille vi furono secolari contenziosi con gli abitati limitrofi allo scopo di stabilire i confini, segnatamente con la Val di Scalve, contrasto che verrà risolto solo nel 1682. Importanti per l'economia del paese furono le investiture vescovili, con le relative concessioni, che avvennero a partire dal XII secolo.
Nel nostro secolo, oltre al tributo di morti chiesto dalle due Guerre Mondiali e dalla costruzione, ultimata nel 1923, della strada carrozzabile Malegno-Borno, è da ricordare la separazione delle frazioni di Piano, Cogno e Annunciata, che dal 1962 sono andate a costituire il nuovo comune di Piancogno.