In epoca romana il territorio fu abitato dai Liguri. Nel medioevo, Varzi cominciò ad affermarsi grazie ai Malaspina, i signori della zona, come testimoniano i numerosi castelli da loro eretti.
Il borgo dipese prima da Tortona, poi dal Monastero di S.Colombano e successivamente fu inserito nei domini alle dipendenze del castello di Oramala.
Nel XII secolo il paese divenne uno dei più importanti snodi commerciali della "Via dei Feudi Imperiali", nota anche come "Via del Sale", attraverso la quale venivano trasportate le merci da Genova a Milano e viceversa. Verso la fine del '200, Varzi divenne la capitale del Marchesato dei Malaspina dai quali vennero eretti il castello, la triplice cinta di mura ed il borgo antico.
Nel XIV secolo i Malaspina cominciano a decadere lasciando campo libero ai Visconti di Milano. Successivamente i Savoia unirono Varzi a Bobbio e dopo essere stato teatro di razzie delle truppe napoleoniche, tornò al Regno di Sardegna. Nel 1860 la provincia di Bobbio cessò di esistere e il paese tornò ad essere un comune pavese.