I primi secoli del Medioevo sono caratterizzati dal contrasto fra i Greci accampati sulle coste e i Goti prima e i Longobardi poi, prementi dall'interno. Nella divisione del ducato di Benevento, la Basilicata passò al nuovo principato di Salerno (847) quasi per intero: e dal trapasso derivò una trasformazione profonda nelle istituzioni politiche e civili del Paese; mentre zone minori restavano al ducato di Benevento, o sotto il dominio greco. La conquista normanna iniziò un nuovo frazionamento della regione, ricomposta a unità solo dopo la riorganizzazione della monarchia (1130). Capitale dello stato normanno fu, da prima, Melfi, il più antico comune della regione (1044). I successivi monarchi svevi, ai quali la regione restò legata, resistettero accanitamente alla dominazione angioina, che al tempo della guerra del Vespro trovò in un basilicatese, Ruggero di Lauria, uno dei suoi temibili avversari.

Nei secoli successivi, la storia della Basilicata è tutta percorsa dai contrasti dinastici, e dagli urti tra corona e feudatari, finché nella prima metà del Cinquecento, seguendo le sorti di tutto il Regno di Napoli, passò sotto il dominio spagnolo; il quale fu caratterizzato da un secolo e mezzo di quiete generale, interrotta solo nel 1647-48 dalla ripercussione del moto di Masaniello, che vide insorgere quasi tutta la Basilicata e terre limitrofe con a capo Matteo Cristiano da Castelgrande. Aggravi fiscali, pessima amministrazione, incertezze della legge, prepotenza feudale caratterizzano il dominio spagnolo che tuttavia con l'assicurata lunga pace, permise qualche aumento della popolazione, che peraltro si fa notevole solo a partire dal 1700, e vide insieme proseguire e quasi concludersi il lungo vittorioso sforzo della popolazione della Basilicata per affrancarsi dalla servitù feudale.

La democratizzazione, in Basilicata, vide al centro il popolo in agitazione contro la nobiltà per reclamare terre comuni, sgravio di gabelle e minor prezzo del pane. Ma presto, alle violenze «democratiche», fecero da contrappeso quelle non minori della reazione sanfedista. Il disordine endemico durò per tutto il successivo dominio francese (1806-15), fomentato dal brigantaggio e dai maneggi di parte borbonica. Dopo il 1815 ebbe notevole diffusione la Carboneria e nel 1820-21 vi fu una nuova insurrezione, che riprendeva i vecchi gridi di lotta del 1799: ma anche ora venne presto e durissima la reazione. Il '48 vide al centro degli eventi una borghesia liberale moderata poco capace di dominare la situazione, stretta com'era fra assolutismo monarchico e reazione contadina; finché nel '60 non poté anch'essa allinearsi a fianco di Garibaldi. Presto però dai detriti del vecchio mondo borbonico, e soprattutto dall'odio sociale del contadiname contro la borghesia latifondista e proprietaria di bestiame, si scatenò la violentissima reazione del brigantaggio, protrattasi per un quinquennio (1860-65).

Fiscalismo, accentramento, impreparazione al nuovo regime, concorrenza economica del Nord colpirono la Basilicata, come un po' tutto il Mezzogiorno dopo l'unità, ma qui con conseguenze ancor più gravi, essendo essa la regione più povera e sterile di tutto il Sud.