La costa del Metapontino rappresenta l'orlo estremo di una pianura alluvionale originata dai detriti depositati dai cinque fiumi (Basento, Bradano, Cavone, Agri e Sinni) che dalle montagne lucane scendono allo Jonio.

Metaponto fu fondata da coloni greci dell'Acaia intorno alla metà del VII secolo a.C., diventando molto presto una delle città più importanti della Magna Grecia. Secondo lo storico Strabone, Metaponto fu fondata da Nestore di ritorno dalla guerra di Troia La ricchezza economica della città proveniva principalmente dalla fertilità del suo territorio, testimoniata dalla spiga d'oro che veniva raffigurata sulle monete di Metaponto e che divenne il simbolo stesso della città e che essa inviava in dono a Delfi.

Metaponto stabilì un'alleanza con Crotone e Sibari e partecipò alla distruzione di Siris. Nel 413 a.C. aiutò Atene nella sua spedizione in Sicilia. Durante la Battaglia di Heraclea del 280 a.C. si alleò invece contro Roma con Pirro e Taranto. Quando Roma vinse definitivamente la guerra contro Pirro, Metaponto fu duramente punita e alcuni esuli metapontini trovarono rifugio a Pistoicos, unica città che era rimasta fedele a Metaponto durante la guerra. Nel 207 a.C. offrì ospitalità ad Annibale e i romani la punirono nuovamente, distruggendola. Divenne allora città federata riacquistando il suo splendore intorno al I secolo a.C..

L'espansione urbana della città continuò fino all'età romana, che coincise con la decadenza e col progressivo abbandono della città, che venne lentamente ricoperta dai sedimenti alluvionali dei fiumi. A Metaponto visse e operò Pitagora che vi fondò la sua scuola. A poca distanza dalla città moderna è situata l'area archeologica di Metaponto con le sue rovine tra cui spiccano le celeberrime Tavole Palatine e il Museo Archeologico Nazionale di Metaponto.